В месяце Кислев 5620 года Цемах-Цедек сильно заболел и болезнь его продолжалась более шести лет, вплоть до его ухода из мира.
Последние полгода ему было тяжело говорить, однако видели от него в эту пору много чудес. Цемах-Цедек отказывался принимать на личную беседу по вопросам материальным и говорил, что не видит тело, но видит лишь свет души, поэтому он не может отвечать на вопросы, связанные с материальностью.
В 5626 г. 13 Нисана (29 марта 1866) Цемах-Цедек скончался и был похоронен в Любавичах.
